植物根的吸收

水生植物在生长过程中需要吸收养分，水环境中的某些污染物只能被植物用作自身的养分。水生植物吸收铅和锌后，不同器官的富集存在显着差异，这表现为根＞茎＞叶。水溶性污染物通过两个途径到达根系表面：第一个途径是通过质体流动途径，即污染物跟随植物的蒸腾作用，与水分一起到达植物的根部。另一个是扩散途径，即通过扩散到达根表面。植物吸收污染物元素作为其自身的养分后，人们会对水生植物进行收割，以从水环境中去除大量污染物。

植物富集

水生植物还可以通过富集来净化水质。水生植物吸收污染物，尤其是有机物（例如重金属离子）后，它们便被富集并固定在体内。同时，植物还具有将污染物转化为安全，低毒的结合状态的机理。植物吸收重金属离子后，金属转运细胞将重金属离子转运至根细胞，然后转运至液泡。在重金属胁迫条件下，植物将具有适应性。在植物细胞壁和金属离子的结合不饱和之前，植物细胞壁的金属沉淀作用将在植物对污染物的耐受性中起一定作用。

微生物作用

植物根系分泌物可为根系微生物提供营养并促进其生长。在根系微生态系统中，微生物数量明显高于其他地区，并且根系微生物可以降解和代谢有机污染物。在水环境中，根系微生物也可以在修复受污染的水体中发挥作用。

凤眼莲，也称为水葫芦，是一种具有发达根系的高级水生植物。广泛用于污水处理，其发达的根系是其净水的重要因素。凤眼莲的根系微生物在水环境中具有降酚作用，凤眼莲的根系微生物可以提高凤眼莲的酚还原效率和多酚氧化酶活性。在研究凤眼莲根部微生物群落的结构分布，组成和功能时，发现根部微生物群落参与了水体的氮循环。

抑制藻类

水生植物对藻类的抑制作用主要来自两个方面。第一个方面是水生植物的生长还需要环境因素，例如养分，光照和高温条件，因此它们将与藻类竞争。高等水生植物已发展出根系，在与藻类的竞争中处于有利地位。它们对氮和磷等营养物质具有很强的吸收能力。由于缺乏限制性养分，藻类的生长受到抑制，从而避免了水华的发生。同时，水生植物的存在将阻止光进入水体，进一步抑制藻类的生长和繁殖。