蠕虫包括单殖吸虫、盾腹吸虫、复殖吸虫、绦虫、线虫和棘头虫等。

单殖吸虫的寄主主要为鱼类，绝大部分寄生在鱼类体表和鳃上，只有少数种类寄生于甲壳纲、头足纲、 两栖类及爬行类。

复殖吸虫的所有种类都是体内寄生虫。除少数种类寄生在软体动物和甲壳动物外，绝大多数种类均寄生在脊椎动物的消化系统或其他器官内。鱼类是其中间寄主 (intermediate host)。

绦虫在发育过程中要经过变态和更换2～3种寄主。第一中间寄主通常为水生无脊椎动物，如剑水蚤、颤蚓等，亦有陆生的无脊椎动物和脊椎动物，第二中间寄主通常是脊椎动物，如鱼类、爬行类、两栖类等。它们是由吞食第一中间寄主而感染。如果第二中间寄主被不适当的终寄主吞食，其幼虫只能在寄主内生存，而不能发育为成虫，这样的寄主，称为假终寄主。

线虫种类很多，除在淡水、海水及土壤中营自由生活的种类外，寄生在各种动、植物体内的种类，也广泛存在。寄生于鱼类的线虫，通常寄生在鱼的消化道、鳍条、腹腔和其他组织内，其中有些已是成虫，有些还是幼虫，多数在鱼体内形成包囊，这些幼虫要到食鱼鸟类和哺乳动物体内才能发育为成虫。

棘头虫是一类具有假体腔而无消化系统的两侧对称的蠕虫。棘头虫以其吻钻进肠粘膜内，破坏肠壁，引起炎症，严重时可造成肠穿孔，肠管堵塞，使鱼体消瘦。有时还可引起鱼贫血乃至死亡。我国淡水鱼类寄生的棘头虫，虽较常见，但感染强度一般较低，仅个别病例出现过死亡现象。